メリットとしては、金利変動がないため、安心して将来の返済計画を立てることができます。また、通常の住宅ローンで必要となる保証料がなく、保証人も必要ありません。繰上返済手数料も無料です。
なお、住宅金融支援機構（旧住宅金融公庫含む）における技術基準適合住宅でなければ融資の対象となりません。フラット35が利用できる住宅は安心の優良住宅といえるでしょう。